Los humedales son muy importantes a la vez que frágiles fuentes de agua de alta biodiversidad, con hábitat de flora y fauna que está constantemente amenazada por el hombre de manera directa o indirecta. En la zona central de Chile quedan solamente 4 humedales y uno de ellos, el Humedal Tunquén, identificado como uno de los 56 sitios prioritarios de la Estrategia Regional de Biodiversidad de la Región de Valparaíso está amenazado por 2 proyectos que intervendrían directamente el lugar.
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Una de las amenazas es la construcción por parte del MOP de un puente que pasaría sobre el humedal, y la otra, la más grave, es el proyecto inmobiliario “Arenas de Tunquén” que pretende construir 198 viviendas de 2 pisos y de 1000 metros cuadrados de terreno en el sector sur del humedal, donde se constituyen espacios de ecosistemas sensibles de nidificación de aves migratorias, flora y fauna abundante y además es un lugar definido para evacuación ante altas mareas y de riesgo en caso de tsunami.
Además, la agrupación Tunquén Sustentable asegura que otra de las amenazas que afecta al humedal corresponde al uso desmedido de las aguas por parte del Condominio Santa Agusta, propietario de los derechos de agua del humedal.
Es por eso que los vecinos del lugar unidos a la organización Tunquén Sustentable, están trabajando para convertir el lugar en Santuario de la Naturaleza para que sea protegido frente a estos y futuros proyectos que amenacen este espacio de diversidad de lora y fauna.